Le travail intellectuel de l’université s’est progressivement constitué en « scolastique », c’est-à-dire qu’il s’est construit selon une forme structurelle spécifique que M-D Chenu définit comme une « forme rationelle de pensée qui s’élabore consciemment et volontairement à partir d’un texte estimé comme faisant autorité. » (Marie-Dominique Chenu, Introduction à l’étude de saint Thomas d’Aquin, Vrin, 3^ème édition, Paris, 1974, p. 55). Le rôle de l’autorité (auctoritas) est donc primordial ; la première autorité entre toutes étant évidemment les Saintes Ecritures (suivies de près par les Pères de l’Eglise latins, Grecs, puis progressivement par l’autorité d’Aristote). Cette structure rationnelle et volontaire (ce qui est remarquable : toutes les époques n’ont pas étés forcément conscientes de leur propre structure de pensée) se retrouvait dans tous les traits de la vie intellectuelle de l’Université.  L’office du maître en théologie, qui est de lire l’Ecriture (legere), diputer (disputare), et prêcher (praedicare) (Pierre le Chantre, Verbum abbreviatum, cap. I, PL 205, 25 « In tribus igitur consistit exercituim sacrae, circa lectionem, disputationem et predicationem »), est traversé de part en part par cette constitution scolastique de l’Université.

Une des activités les plus célèbres de l’Université est celle de la dispute, qui a pris diverses fomes au court des années, pour se diversifier en trois grands types : la (questio), qui a évolué vers la dipute (disputatio), et les disputes ou questions quodlibetiques (tout cela est montré par P. Glorieux dans La littérature quodlibétique de 1260 à 1320, Bibliothèque thomiste 5 et 21, Paris, 1925 et 1935). Ces exercices, publiques ou privés, permettaient aux maîtres en théologie de montrer leur connaissance, d’exercer leurs étudiants, mais surtout de remplir une partie de leur responsabilité qui est de disputare (disputer).

L’évolution des différents types de disputes est analysée par Marie-Dominique Chenu dans son Introduction à l’étude de saint Thomas d’Aquin (voir Introduction à l’étude de saint Thomas d’Aquin, Vrin, 3^ème édition, Paris, 1974, p. 71 et suivantes). Il apparaît que la quaestio est née de querelles interprétatives au cours de la lecture (lectio) des Ecritures ou des Pères, c’est-à-dire des auctotitas. Non pas que les textes étaient remis en questions, mais ils étaient mis en question « pour en obtenir une intelligence plus profonde »(ibid. p. 72). Ainsi les questions interprétatives évoluèrent-elles natrurellement vers la disputatio, forme plus structuré des querelles intépretatives, ces dernières s’institutionalisant pour devenir peu à peu des activités capitales dans la vie des universités et pour la réputation de tel ou tel maître. Les disputatio regroupaient les étudiants (les bacheliers) et leur maître, en public, afin de résoudre une question qui a été déterminé quelques mois ou quelques jours à l’avance. La forme de la dipute évolua jusqu’à la confrontation directe entre deux ou plusieurs maîtres, avec leurs étudiants. Ainsi fusse la cas pour la célèbre dispute entre le frère mineur Jean Peckham et le frère prêcheur Thomas d’Aquin. La forme la plus impressionnante que pris l’office de la dispute est le quodlibet, consistant en une dispute sur un sujet tiré au hasard, ou proposé par l’asemblée : « de quodlibet ad voluntatem cujuslibet » dit Humbert de Roma (Opera de vita regulari, éd. Berthier, t. II, p. 260). Toute l’assemblée pouvait poser ses questions, et le maître devait répondre. Les questions prenaient parfois des formes qui peuvent nous paraîtres aujourd’hui amusantes (par exemple : « si Adam n’avait pas péché, se serait-il reproduit avec Eve ? »), mais elles étaient prises très au sérieux par les participants. Les disputes quodlibetiques avaient lieu deux fois par an, pednant le Carême et pendant l’Avent ; les ma^tres n’étaient pas tenus d’y participer obligatoirement. Les quodlibets, parce qu’ils émanaient du public, étaient souvent liés  l’actualité de l’université ; ainsi observe-t-on des quodlibets sur les questions  . Le P. Mandonnet (Revue thomiste, XXIII, 1928, p/ 297 et suivantes) décrit de manière vivante ce genre d’activité, très populaire à l’époque. Le bachelier, sous l’égide de son maître, devait formuler sa thèse, puis répondre aux objections du public. C’est la dispute proprement dite. Enfin le maître prenait la responsabilité de la doctrine qu’il fallait soutenir, c’est la détermination finale, où il engageait sa propre responsabilité. À Paris, où ce genre d’exercice fleurissait dans les années 1225 et 1250, les maîtres étaient Jean de Pouilly, Gerard d’Abbeville (frère mineur, rival de Thomas d’Aquin) ou encore Henri le Grand (J-P Torell, initiation 1, p. 302).

Ce genre d’activité, au delà de son aspect grandiose (mais non rhétorique, car soumis à des règles logiques et théologiques d’argumentation dans le discours même), influa directement la structure des sommes de théologie (summa théologiae). On retrouve dans ces dernières le respondeo dicendum quod (je prend la responsabilité de dire que…), les objectio (objections) et les solutions caractérisitique des disputatio. « C’est donc toute la vie d’une époque qui s’y reflète », nous dit J-P Torell (J-P Torell, initiation 1, p. 303). Mais l’exercice prend tellement d’ampleur au cours du temps, parce que les maîtres y jouant leur réputation, que rapidement, après la mort de Thomas d’Aquin en 1274, il se dégrade en se subtilisant et en s’allongeant, perdant ainsi l’équilibre nécessaire à son bon fonctionnement. C’est en partie à cause de cette perte de sens de la disputatio que la scolastique sera appelée par les penseurs de la Renaissance décadente, inutilement subtile et orgueilleuse.