Le fruit de la pensée métaphysique est universel, c'est à dire non tropologique et intemporel. D'où le fait que premièrement, il n'y a ni anachronisme philosophique, et c'est pourquoi les métaphysiciens s'interpellent ainsi entre les siècles sans la moindre difficulté ni le moindre risque d'erreur supplémentaire que s'ils philosophaient pour ainsi dire face à face ; que, deuxièmement, le problème d'inculturation n'a pas l'importance qu'on a voulu lui prêter : un concept métaphysique ne peut être réduit aux termes et aux catégories de pensée d'un environnement donné. D'où le fait que le concept métaphysique transcende les époques et les lieux, qu'il ne peut être réduit à des catégories langagières et singulières.
L'être (ens ou esse) est la notion fondamentale de la philosophie thomiste. Mais l'ontologie développée par Thomas d'Aquin est extrêmement variée pour permettre de se contenter d'une seule définition du mot.
* L’''ens'' dans le sens du concept (''conceptus entis'') signifie l'être pensé dans toute sa généralité, ou plutot l'acte d'être commun à n'importe quel étant, après abstraction. C'est le concept central de toute la métaphysique de Thomas. L'être est analogique, c'est à dire qu'il se hiérarchise à divers degrés selon les étants. Dieu, en tant que sommet de l'analogie de l'être, est ''l'ipsum esse'', l'acte pur d'exister, Celui en qui se confond l'essence et l'existence.
* L’''esse'' est l'acte même d'exister d'un étant.
* L’''essentia'' ou ''quidditas'' est une des signification du mot être en tant qu'une chose est ce qu'elle est : c'est l'essence de la chose, ce que l'intelligence va atteindre de la chose par le procédé d'abstraction.
* Tout ce qui n'est pas "est" néant.
* Enfin l'être se confond avec la réalité même en tant qu'elle est pensée (être de raison) ou en tant qu'elle est simplement (être réel).
Tout cela veut dire qu'une idée existe tout autant qu'une table, par exemple, puisqu'elle est. Ce qui nous amène à la distinction suivante :
- ÊTRE DE RAISON ET ÊTRE RÉEL. L'être de raison n'existe que dans la pensée d'un être réel. Exemple : l'idée de Mickey (être de raison) est dans mon esprit à moi (être réel).
Les mathématiques, la notion de néant, la nature humaine, etc... sont des êtres de raison.
- La science qui s'occupe de l'être de raison, c'est la logique.
- La science qui s'occupe de l'être réel (en tant qu'être), c'est la métaphysique.
II) LES PRINCIPES ONTOLOGIQUES
- principe d’identité : une chose est ce qu’elle est.
- principe de raison d’être : ce qui est et n’est pas par soi est par un autre.
III) SUBSTANCE & ACCIDENT(substantia et accidens)
* La substance est l'étant qui existe par lui-même, ce qui constitue le sujet en ce qu'il a de plus irréductible. La substance première est l'individu (par exemple Socrate) et la substance seconde est la nature (par exemple homme).
* L’accident est ce qui est "ajouté" à une substance, en tant qu'elle peut exister d'elle-même, mais que l'accident ne peut qu'exister avec une substance. On distingue de nombreux accidents : de temps, de lieu, de relation, etc...
Il est à noter que la substance est determinée pas ses accidents. La connaissance sensible permet d’acceder aux accidents, l’intelligence permet d’acceder à la substance.
IV) LES CAUSES
Cette théorie des quatre causes provient d'Aristote. Elle faisait partie du bagage de l'enseignement des écoles parisiennes de théologie au {{XIIIe siècle}} dès avant l'arrivée de Thomas qui la reprit à son compte et l'approfondit.
* la ''cause efficiente'' est ce qui effectue le changement.
* la ''cause finale'' est ce vers quoi le changement se produit
* la ''cause matérielle'' est ce qui dans le sujet est susceptible de recevoir une détermination.
* la ''cause formelle'' est ce en quoi l'effet est, ce qui fait qu'il est ce qu'il est.
Les deux premières causes sont dites ''extrinsèques'', car elles ne sont pas constitutives de l'être de la chose, et les deux dernières causes sont dites ''intrinsèques'' en ce qu'elles constituent le sujet en son être même. La cause est l'objet de plusieurs autres distinctions chez Thomas d'Aquin(cause première et seconde, cause per se et per accidens, cause instrumentale, cause dispositive, cause exemplaire etc.)
V) LA MATIÈRE ET LA FORME (materia et forma)
Ces concepts sont également repris d'[[Aristote]] :
* La ''forme'' est le principe intrinsèque et constitutif d'un être, ce qui fait qu'une chose est ce qu'elle est. Par exemple, elle donne la nature humaine à une matière corporelle. Elle est donc aussi principe d'espèce et elle constitue ce que Thomas d'Aquin appelle l'âme. Ce concept vaut surtout pour parler de la substance d'une chose.
* La ''matière'' est ce qui dans un être reçoit la forme, c'est à dire une détermination quelconque. Par exemple, c'est ce qui fait que moi, de l'espèce humaine, je suis unique à être moi au sein de l'espède homme.
VI) L'ACTE ET LA PUISSANCE (actus et potentia)
Ces termes sont eux aussi aristotéliciens, ils ont de nombreuses significations :
* L’''acte'' signifie l'achèvement, quel qu'il soit (moral, ontologique, etc...) de l'être d'une chose : il est donc pris en ce sens de l'entéléchie. Mais il signifie également le fait même d'exister ou encore le simple fait d'agir.
* La ''puissance'' signifie ce qui peut être déterminé par un acte, ou par un passage à l'acte. Elle représente ou dévoile en quelque sorte un inachèvement ontologique mais qui peut potentiellement recevoir un perfectionnement. Il y a des puissances passives et des puissances actives. Voir : ''De potentia'', qu. 1
VII) L'INTELLECT AGENT ET L'INTELLECT PASSIF
* L’''intellect passif'' (ou possible) est l'activité de l'intellect conditionnée par la réception des images sensibles, c'est en quelque sorte une activité passive<ref>''Somme théologique'', Ia, qu. 79, art. 2</ref>. C'est en quelque sorte un table rase dans laquelle est imprimée les images sensibles extraites par les sens.
* L’''intellect agent'' est l'opération de l'intellect qui va abstraire les caractéristiques sensibles des images sensibles. Voir : ''Somme théologique'', Ia, qu. 79, art. 3, sed contra et Aristote, ''De anima'', V, 1, 430 a 10. Il sépare l'élément universel de l'élément singulier de ce que lui fournissent les sens.
VIII) ETRE ENTITATIF & ETRE INTENTIONNEL
- Etre entitatif : fait partit de la nature du sujet, est permanent chez lui, comme le génie de Michel-Ange est permanent chez lui.
Etre intentionnel : n’est que de pur passage, comme le génie est de passage dans le pinceau de Michel-Ange.
VIII) CAUSES INTRINSEQUES & CAUSES EXTRASÈQUES
- Les causes intrinsèques (intra-) sont dans la chose même. Il y a la cause matérielle et la cause formelle.
- Les causes extrasèques (extra-) sont en dehors du sujet. Elles sont composées de la cause efficiente, qui est la force qui interviens dans la mouvement ; et la cause finale qui est la fin vers quoi tend le changement.